La herramienta bioinformática basada en machine learning e inteligencia artificial permite clasificar secuencias de virus con más del 99% de precisión

Debora Marcone es epidemióloga molecular de virus respiratorios. Parte de su trabajo implica detectar qué tipos de virus de influenza circulan en determinado momento en alguna región. Hasta el momento, el método para saberlo era hacer lo que se denomina “análilsis de filogeniaâ€�, que demanda mucho tiempo y requiere capacidades informáticas más complejas que las que suele tener una computadora estándar. Ahora, también cuenta con INFINITy, una herramienta bioinformática basada en machine learning e inteligencia artificial, que desarrolló junto con su colega Marco Cacciabue, investigador del CONICET en la Universidad Nacional de Luján (UNLu) y del Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (IABIMO, CONICET-INTA).

INFINITy es una aplicación de acceso libre, destinada a bioquímicos, estudiantes, investigadores y laboratorios de referencia o investigación que permite clasificar secuencias de virus influenza A y B obtenidas de personas que cursaron la enfermedad, de forma rápida y precisa, con más de un 99% de precisión.

“El estudio de los genomas virales es relevante para determinar si han aparecido nuevas variantes, además de monitorear las existentes, si los métodos diagnósticos siguen siendo adecuados para su detección, e incluso, reformular la composición de las vacunas cuando es necesario�, afirma Marcone, que se desempeña en el Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM) de la Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA, y explica que estos virus tienen una gran capacidad de mutar su genoma. Así, los cambios que se van produciendo y acumulando dan origen a nuevas variantes.

INFINITy es una aplicación de acceso libre, destinada a bioquímicos, estudiantes, investigadores y laboratorios de referencia o investigación que permite clasificar secuencias de virus influenza A y B obtenidas de personas que cursaron la enfermedad, de forma rápida y precisa, con más de un 99% de precisión.

El virus de influenza A (H1N1), por ejemplo, sufrió grandes cambios en su genoma y en el año 2009 provocó una pandemia que afectó a infectó a miles de personas en todo el mundo. Desde entonces, los subtipos de influenza A (H1N1) pmd09 y A(H3N2) y dos linajes de influenza B, Victoria y Yamagata, han sido responsables de la mayoría de los casos.

Cuando irrumpió la pandemia por COVID-19, Marcone dejó en pausa su investigación en influenza para abocarse al Sars-Cov-2. Así se conocieron con Cacciabue, que en aquel momento estaba desarrollando una herramienta informática similar pero subtipificar las distintas especies de este último virus, bautizada Covidex. Cuando la urgencia que provocó la pandemia disminuyó, ambos investigadores se pusieron de acuerdo y empezaron a trabajar en esta nueva idea.

Tras un año de trabajo en conjunto, y con el apoyo de la Agencia I+D+i, lograron lanzar INFINITy. “La aplicación está basada en una herramienta similar a la que desarrollamos para COVID pero, en este caso, además de los modelos de clasificación actualizados para secuencias de influenza, hemos logrado mejorar varios aspectos del software para que cumpla con diversos estándares de calidadâ€�, explica Cacciabue. La aplicación está escrita en el lenguaje de programación R, de código abierto, y otros paquetes de programación.

“El estudio de los genomas virales es relevante para determinar si han aparecido nuevas variantes, además de monitorear las existentes, si los métodos diagnósticos siguen siendo adecuados para su detección, e incluso, reformular la composición de las vacunas cuando es necesario�, afirma Marcone.

“Lo más desafiante fue lograr una herramienta robusta en cuanto a asegurar su correcto funcionamiento, y que al mismo tiempo sea fácil de usar�, afirma Cacciabue, y destaca que se puede utilizar en diversos formatos: a través de Internet, ya que cuentan con un servidor en la UNLu adonde está alojada toda la información; o de manera local, ya que quien lo desee puede descargar la aplicación en su computadora.

INFINITy cuenta con dos modelos: uno se denomina FULL HA, que permite clasificar secuencias del gen de la proteína viral “hemaglutinina�; y el otro se llama “HA1�, para clasificar las secuencias del gen de su región parcial HA1. Ambas regiones genómicas son usualmente utilizadas a nivel mundial para realizar estudios de epidemiología y vigilancia epidemiológica.

Para testear su funcionamiento, los investigadores la pusieron a prueba utilizando secuencias virales de influenza provenientes de todo el mundo, descargadas de una base de datos de secuencias públicas llamada GISAID. Los resultados y el funcionamiento de la aplicación fueron publicados en una de las revistas científicas más prestigiosas del área, Influenza and other respiratory viruses.

“Para ambos modelos, tanto la hemoglutinada completa como la región parcial HA1, que se puede clasificar, la precisión fue mayor al 99%�, dice Marcone, y destaca que eso los alentó a terminar el desarrollo y publicarlo. “Durante la revisión del paper, un investigador contrastó la herramienta con su base de 50.000 secuencias y le dio una precisión mayor al 95%. Eso nos puso todavía más contentos, ya que demuestra que no sólo funciona para nosotros sino también para cualquier persona que quiera utilizarla�, concluye Marcone.

Con información de la Agencia TSS

Fuente: El DestapeWeb

https://www.eldestapeweb.com/sociedad/salud/inteligencia-artificial-para-clasificar-virus-202333152615?utm_medium=Social&utm_source=Facebook&fbclid=IwAR1HqUcIiVuR8tDE0tyhk7Hc7RpYJYx_4CMX6GSlghZyj4AOeaGvKrUq5nQ#Echobox=1678029063-1

El grupo consiguió demostrar a través de pruebas in vitro que un anticuerpo monoclonal podría bloquear la proteína que cumple un rol clave en la resistencia frente al tratamiento de personas con esta enfermedad.

Investigadores del Conicet demostraron in vitro que un anticuerpo monoclonal que desarrollaron podría bloquear la proteína Galactina 1 (Gal-1), la que según comprobaron en muestras de pacientes cumple un rol clave en la resistencia frente a un tratamiento innovador (bevacizumab) de personas con melanoma.

«Nosotros habíamos demostrado ya que el bloquear Gal-1 podía ser relevante terapéuticamente. Si bien aún no hicimos ensayos clínicos, en este estudio pudimos mostrar el desarrollo de un nuevo anticuerpo monoclonal para bloquear Gal-1, que se pude usar en humanos y que funciona para bloquear los efectos pro-angiogénicos de la Gal-1 presente en el plasma de pacientes tratados con bevacizumab», detalló Diego Croci.

Croci dirigió junto a Gabriel Rabinovich el grupo de investigación, una tarea conjunta entre el Instituto de Biología y Medicina Experimental (Ibyme, Conicet) y el Instituto de Histología y Embriología de Mendoza (IHEM). «Por un lado, este trabajo viene a confirmar la hipótesis ya vista en modelos experimentales de que Gal-1 activa mecanismos de resistencia frente a las terapias antiangiogénicas, y, por otro, presenta una potencial terapia para dar respuesta a este problemaâ€�, añadió Croci.

Para comprender de qué se trata el avance científico es necesario explicar el concepto de angiogénesis: se trata de la capacidad del organismo de formar nuevos vasos sanguíneos a partir de otros preexistentes, un proceso fundamental durante el desarrollo y el crecimiento, así como también en la cicatrización de las heridas.

Sin embargo, la angiogénesis también es inducida por los tumores para abastecerse de nutrientes y oxígeno, y así poder crecer y diseminarse; esto llevó al desarrollo de terapias antitumorales conocidas como terapias antiangiogénicas, que apuntan a bloquear la proliferación de vasos sanguíneos, con el objetivo de reducir el flujo de sangre que llega al tumor.

El éxito de este tipo de terapias en el tratamiento de distintos tipos de cáncer ha sido dispar, dado que un gran número de tumores desarrollan mecanismos de resistencia que no permiten la inhibición de la angiogénesis.

En 2014, un equipo de científicos y científicas del Conicet, bajo la dirección de Rabinovich, publicó un trabajo en Cell en el que se demostró en modelos experimentales de cáncer que la proteína Gal-1 disminuía el efecto de las terapias antiangiogénicas.

El aporte del trabajo reciente -publicado en Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) y realizado por las y los investigadores Nadia Bannoud, Juan Carlos Stupirski y Alejandro Cagnoni- fue demostrar esto mismo pero con muestras de pacientes con melanoma en el marco de un ensayo clínico multicéntrico, llamado AVAST-M, en el que se estudiaba el tratamiento con bevacizumab. “Nosotros recibimos las muestras y cuantificamos la cantidad de Gal-1 que había presente en el plasma», detalló Stupirski.

Al analizar los resultados, observaron que el incremento de Gal-1 en el tiempo era un indicador de un mayor riesgo de recurrencia de la enfermedad y de muerte, y cuanto mayor era la proteína más era la capacidad del tumor de mantener la capacidad de generar nuevos vasos. En el mismo trabajo, el grupo demostró que el proceso de formación de vasos se puede inhibir mediante el bloqueo de Gal-1 con un anticuerpo monoclonal desarrollado por el equipo.

Fuente: Tiempo Argentino

Investigadores del Conicet avanzan en la mejora de un tratamiento de melanoma

Se trata de un desarrollo del INTA Corrientes adaptados a la resistencia a las parasitosis gastrointestinales. El trabajo fue el fruto de más de una década de ensayos y pruebas

En uno de los últimos remates de la Sociedad Rural de Mercedes, en Corrientes, la novedad empezó a correr rápidamente entre los productores y consignatarios que acudieron allí: era la primera vez que se realizaba una venta de ovinos Ideal con DEPs (diferencias esperadas en la progenie), con resistencia a las parasitosis gastrointestinales. Se trata de una investigación que el INTA desarrolló durante 12 años.

“Se trata de un desarrollo llevado a cabo entre la Estación Experimental Agropecuaria Mercedes con el INTA Castelar. Luego se sumaron las unidades experimentales del NTA Anguil, Balcarce, Concepción del Uruguay y Paraná�, remarcaron desde el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria.

El equipo de investigación y trasferencia del instituto apuntó al desarrollo de protocolos de trabajo para la evaluación de majadas genéticamente más resistentes a las parasitosis gastrointestinales, en diferentes unidades experimentales y con diferentes razas.

Por eso hace tres años que INTA Mercedes realiza este protocolo con productores cabañeros de la zona, con muy buenos resultados. Se trata de un protocolo altamente confiable para identificar machos y hembras más resistentes y resilientes.

La Cabaña Aguay de las Antillas S.A. hizo su primera venta de carneros padres con una evaluación genética resistentes a las parasitosis.

EL POR QUÉ DE LA INVESTIGACIÓN

¿Por qué se llevó a cabo la investigación? El Haemonchus spp. es el parásito más difundido y que mayores perjuicios produce.

“Las parasitosis gastrointestinales (PGI) son uno de los mayores problemas de los sistemas productivos ovinos en las regiones templadas, subtropicales y tropicales. Estas provocan pérdidas económicas debido a la disminución de la producción, elevados costos de tratamientos y provocando la muerte de animales�, dijo Bibiana Cetrá del INTA Mercedes.

El control de las parasitosis está tradicionalmente basado en el uso de drogas antiparasitarias. Sin embargo, esto resulta cada vez menos efectivo debido a la resistencia a las drogas que desarrollan los parásitos y a tener en cuenta los residuos de los productos antiparasitarios en los la carne y leche.

Además de los antiparasitarios existen prácticas complementarias orientadas al control integrado de parásitos, como el manejo de los potreros y de las majadas, el uso de taninos condensados, dosificaciones estratégicas, entre otras.

Durante un primer período se trabajó majadas y razas Corriedale; luego se trabajó con las razas Ideal, Texel y Pampinta. Se encontró una gran variación entre los animales con mayor resistencia y/o susceptibilidad a las parasitosis.

Esto permitió la selección de animales más resistentes y con mayor peso y otros rasgos, tales como, calidad y cantidad de lana.

Se construyen índices de selección que compatibilicen esas características productivas con la resistencia a las parasitosis.

Fuente: InfoCampo

Orgullo de la genética: investigaron ovinos durante 12 años y lograron animales resistentes a parásitos

Se trata de un proyecto que se desarrolla en la incubadora de empresas de la Universidad Nacional de Córdoba (UNC). Para quienes sufren migraña, la recomendación es usar la gorra 30 minutos, una o dos veces al día, para prevenir el uso de medicamentos.

Una vincha, que se desarrolla en la incubadora de empresas de la Universidad Nacional de Córdoba (UNC), tiene la capacidad de tratar la patología neurológica de la migraña y reducir el dolor de cabeza hasta en un 75% mediante impulsos eléctrico que estimulan nervios específicos.

De acuerdo a lo que publicó hoy la web Unciencia, el sitio de investigación científica de la UNC, se trata de uno de los cuatro proyectos de tecnología médica en los que trabaja Dines, una empresa incubada en la UNC e integrada por especialistas en ingeniería y en ciencias de la salud.

Asimismo, se detalló que actualmente cuentan con un prototipo del dispositivo, premiado recientemente por el Programa InnovACba de la provincia de Córdoba, por el que obtuvieron un financiamiento que permitirá comenzar la producción junto a una firma local dedicada a la fabricación de equipamiento médico.

Hugo Díaz Fajreldines, uno de los fundadores de la empresa incubada Dines, explicó que la función del dispositivo denominado «Viex Tens», la vincha, lleva una serie de electroestimuladores ubicados justo a la altura de las terminales del nervio trigémino, en la frente de la persona, sobre las cejas�.

«Funciona generando tenues estímulos eléctricos sobre la piel, de manera de inyectar microelectricidad en el nervio trigémino. El resultado es una disminución del dolor«, afirmó Fajreldines, quien es doctor en medicina y cirugía.

Hacia el origen de la migraña

Asimismo, el investigador sostuvo que si bien se desconoce el origen de la migraña, se sabe mucho acerca del mecanismo fisiopatológico que la produce, es decir, cómo es el circuito de alteración que ocasiona la enfermedad.

Al respecto, el médico explicó que la migraña comienza a nivel de las terminales del nervio trigémino, que lleva la sensibilidad de la mitad de la cara para cada lado y es uno de los pares craneales, Â«ingresa al cerebro y va directo a la estructura del tronco encefálico. A partir de ahí se desencadenan mecanismos que provocan dolor de cabeza».

«Hasta ahora, las pruebas muestran que un dispositivo de este tipo puede reducir hasta un 75% el nivel de dolor y, con ello, el consumo de fármacos�, destacaron los especialistas y añadieron que «genera alivio especialmente en personas que no pueden recibir medicación especial, como mujeres embarazadas».

«La estimulación eléctrica es casi imperceptible, como un cosquilleo. Algunas personas no sienten nada y es realmente efectivo», sostienen desde el equipo de investigación.

Para quienes sufren migraña, la recomendación es usar la gorra 30 minutos, una o dos veces al día, para prevenir el uso de medicamentos.

El equipo trabaja ahora sobre el desarrollo y producción de ese proyecto biomédico que será financiado por la empresa Feas Electrónica, que se dedica a la fabricación, alquiler y venta de equipamiento médico.

Con información de Télam

Fuente: El Destape

https://www.eldestapeweb.com/sociedad/salud/desarrollan-una-vincha-capaz-de-reducir-hasta-el-75-el-dolor-de-cabeza-causado-por-la-migrana-20224711470

Científicos especializados en física del Instituto Balseiro y del Centro Atómico Bariloche (CAB), presentaron un sistema que sirve para planificar cirugías complejas y con dinámicas computacional de fluidos.

Ignacio Berra, cirujano cardiovascular, quien se capacitó en el Hospital de Niños de Boston, Estados Unidos, contó que “los bebés con diagnóstico de síndrome de heterotaxia y con un ventrículo único tienen un riesgo de mortalidad del 30% antes de ser sometidos a los procedimientos quirúrgicos�.
Becerra implementó el sistema en el Hospital Garrahan y cuenta con la colaboración de los expertos de Bariloche, el ingeniero nuclear Enzo Alberto Dari y el físico René Cejas Bolecek, del Departamento de Mecánica Computacional del CAB, que depende de la Comisión Nacional de Energía Atómica. En el proyecto, también participan Mauro Fermín, William Machaca y Mariano Cantero.

S�NDROME DE HETEROTAXIA

Uno de cada 5.000 bebés tiene un tipo de cardiopatía congénita que es de mayor complejidad. Se llama síndrome de heterotaxia. El tratamiento para esos niños es un gran desafío para la medicina.
“Cuando crece el paciente, entre los dos y los tres años, se realiza la cirugía de Fontan, que consiste en la desconexión de la vena cava inferior de la aurícula derecha y se la conecta a las ramas pulmonares interponiendo un tubo que es una prótesis. Antes de realizar la cirugía de Fontan, evaluamos la geometría del paciente según su anatomía para no generar obstrucciones y no aumentar la resistencia al flujo de sangre�, afirmó Berra al sitio Rio Negro.
El trabajo colaborativo entre los profesionales del hospital y los investigadores Enzo Dari y René Cej, en Bariloche, permiten simular las características fisiológicas y el comportamiento del flujo sanguíneo de los pacientes antes de llevar a cabo cada cirugía cardíaca. Con la utilización de esa metodología se asistió en la planificación pre-quirúrgica de cinco pacientes. Todas ellas resultaron exitosas.
Berra manifestó que “falta realizar una validación experimental de la simulación preoperatoria de la dinámica de fluidos y realizar una resonancia magnética 4D en la que se podrá estudiar el flujo en el paciente ya operado que simulamos en el planeamiento prequirúrgico�.

Fuente: Periferia

Investigadores de la CNEA diseñaron un sistema con imágenes 3D para planificar cirugías en bebés

Un grupo de investigadoras rosarinas desarrollan un nuevo cuero “ecológico� a base de hongos. Se trata de un invento sin precedentes en el país y podría utilizarse para confeccionar ropa, carteras, calzado, entre otras prendas.

Este biomaterial tiene la particularidad de que se logra a partir de la reutilización de desechos de la industria agroalimentaria, que alimentan al hongo Ganorderma lucidum, que tiene las principales propiedades curativas de la medicina tradicional asiática. Por este motivo, además, es absolutamente biodegradable.

«Revalorizamos los residuos de la industria agroalimentaria de la región, a partir de los cuales producimos moléculas de valor agregado�, explicó Diana Romanini, directora del equipo del Conicet-UNR, en diálogo con La Capital.

Por ejemplo, “a partir de los desechos como la cascarilla de soja, el afrechillo de trigo, las zanahorias descartadas y el orujo de la uva se logran antioxidantes para cosméticos, ácido láctico que se usa como acidulante y enzimas que se utilizan como coadyuvantes en los alimentos�.

Particularmente, el hongo seleccionado para lograr este “eco-cuero� se conoce como Ganorderma lucidum, tiene propiedades medicinales y no es comestible. Es muy usado en países asiáticos por sus nulas contraindicaciones y sus altas propiedades curativas, anticancerígenas, antitumorales, antibióticas, analgésicas, sedantes y anti-inflamatorias, entre muchas otras. 

El microorganismo se alimenta de los residuos de la industria agroalimentaria, lo cual lo hace doblemente ecológico: no se origina de un animal y recicla un tipo de desecho que «de lo contrario, estaría contaminando el ambiente», agregó Adriana Clementz otra integrante del equipo.

Mezclar esos elementos con hongos puede derivar en la textura, color y firmeza necesarios para crear un nuevo cuero de origen no animal. Por eso, Romanini detalló que las enzimas fueron producidas gracias a la exploración en diversos cultivos de hongos, “comestibles� y otros “con propiedades medicinales�.

Esta investigación se da en el marco de una avanzada en materia de conciencia respecto al impacto medioambiental y social que tiene la industria textil. De esta manera, también se encuentran en crecimiento las ferias americanas que comercializan ropa usada, las marcas de diseño independiente que confeccionan prendas con base en telas y ropa reciclada e incluso el intercambio.

Funte: Pagina 12

https://www.pagina12.com.ar/434311-investigadoras-rosarinas-crearon-un-cuero-ecologico-desarrol