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Con computadoras, analizan la estructura del genoma humano?

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Con computadoras, analizan la estructura del genoma humano?

Posted on 20 febrero 2009 by hj

Investigadores argentinos desarrollaron técnicas novedosas valoradas internacionalmente . Experiencia pionera / Dos empresas financiarán la investigación

Con computadoras, analizan la estructura del genoma humano

Verónica Becher, de pie, presenta el proyecto ante representantes de BioSidus e IBM Foto: Federico Castro Olivera
Nora Bär
LA NACION

El genoma humano -es decir, el conjunto de instrucciones químicas necesarias para fabricar una persona- está escrito en el ADN que guardan las células y en un lenguaje que resulta de la combinación de sólo cuatro letras o «bases» (A, C, G y T).
Lo singular del caso es que se calcula que sólo el 2% de los 3000 millones de letras que integran el ADN humano contiene información biológica para sintetizar proteínas. Del 95% restante sólo se sabe que no genera proteínas y que está formado por secuencias (o «palabras») repetitivas. Se lo llama «ADN basura» y su función es todavía un misterio.
Entender para qué sirve la mayor parte del ADN es un problema complejo que atrae la atención de investigadores de todo el mundo, y un equipo del Departamento de Computación de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la UBA está ubicado en la primera línea de las investigaciones. En una experiencia pionera en el país, gracias a un acuerdo logrado por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, de aquí en más sus investigaciones serán financiadas por dos empresas privadas: BioSidus e IBM.
«Hace un año, estaba iniciando mi año sabático y me propuse responder una pregunta hecha por otro -cuenta Verónica Becher, que lidera el grupo Kapow [sigla en inglés que corresponde a «Algoritmos para resolver problemas en palabras»], formado por Alejandro Deymonnaz y Pablo Heiber, a quienes definió como «los programadores más brillantes de la Argentina»-. Estudios recientes mostraron que el ADN «basura» sí tiene algún tipo de función, pero no se sabe exactamente de qué manera opera. Uno de los problemas fundamentales es que no hay un análisis cuantitativo exhaustivo de sus distintas partes. Es decir, de los tipos, cantidad y distribución de las secuencias de letras que aparecen replicadas a lo largo del genoma. Entonces nos dijimos: ésta es una pregunta que sí podemos abordar.»
La tarea, por supuesto, es ciclópea. Consiste nada menos que en bucear entre los miles de millones de letras del genoma e identificar las «palabras» idénticas, sin saber cuáles son y comparando todas las posibles superposiciones.
Una experiencia novedosa
«Desde el principio de los estudios genómicos se supo que la informática es central, porque no hay otra forma de analizar tal masa de datos -explica Becher-. Decidimos hacer un cómputo exhaustivo de todas las repeticiones que aparecen en el genoma humano. Había tres cuestiones cruciales: teníamos que pensar rápidamente el algoritmo [lista de operaciones que permite resolver un problema] porque estábamos en mi año sabático, teníamos que programarlo también rápidamente y además el algoritmo en sí tenía que ser veloz. Ideamos uno cuya característica fundamental es la eficiencia.»
Usando datos disponibles en Internet, los investigadores computaron los patrones repetidos de los 24 cromosomas humanos (y los presentes en el chimpancé, el perro, la rata y el ratón, lo que suma 129 cromosomas en total), calcularon su número y ubicación, y los compararon entre sí.
También desarrollaron «mapas de repeticiones» y pudieron obtener conclusiones estadísticas (por ejemplo, cuáles son los patrones coincidentes más largos que aparecen en cualquier par de cromosomas y cuál es el porcentaje de repeticiones en los 129 cromosomas).
La búsqueda de elementos repetitivos en el genoma ya se usa en medicina forense (para determinar paternidad o identificar individuos) y en ganadería (para la selección asistida por marcadores genéticos). Pero el trabajo local, en el que también participaron Martín Urtazun y Marcos Foglino, aporta un enfoque novedoso que fue valorado internacionalmente. Este año, los científicos piensan analizar la secuencia genética de 10 genomas humanos. Lo harán en colaboración con dos de los más destacados centros europeos en este tema (el Centro de Investigac iones Príncipe Felipe y el Centre for Genomic Regulation). «Como resultado, tendremos una batería de algoritmos aplicables a cualquier genoma», dice Becher.
«Este es un experimento que respaldamos con entusiasmo-dice el ministro Lino Barañao-. Se nos presenta el problema de que el recurso más importante para continuar las investigaciones es el humano, que es el más difícil de financiar con los instrumentos que tenemos. Hay que encararlo de forma novedosa. Aun en la crisis, dos empresas del sector privado están dispuestas a seguir apoyando el proyecto. Esto permitirá retener a estos jóvenes en el país. No tenemos supercomputadoras, pero tenemos «supercerebros».»

http://www.lanacion.com.ar/nota.asp?nota_id=1101544

 

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Dos médicos argentinos estudiaron qué pasa con el cuerpo en la alta montaña?

Posted on 18 febrero 2009 by hj

Escalaron el volcán Llullaillaco, en Salta, para evaluar la reacción del cuerpo en la altura. Los signos del mal de montaña.

 

Dos médicos argentinos realizaron una investigación científica inédita en alta montaña. Escalaron el volcán Llullaillaco (6.739 metros), en Salta, y evaluaron los parámetros clínicos de andinistas a diferentes alturas para saber más sobre la salud y el rendimiento físico en condiciones de gran exigencia. Hay pocos estudios de ese tipo en el mundo.

 

Se trata de los médicos Leandro Seoane, especialista en Emergentología y Terapia Intensiva del Hospital Universitario Austral, y del Rolando Nervi, emergentólogo y médico generalista de Río Gallegos, Santa Cruz. Ambos decidieron emprender una travesía científica a la cima del monte Llullaillaco (6.739 metros), el cuarto volcán más alto del mundo, para llevar a cabo su investigación.
Los montañistas iniciaron el ascenso el 18 de enero y bajaron el 26.

Durante los 9 días que duró la expedición, evaluaron parámetros clínicos a diferentes alturas: pueblo Tolar Grande (3.500 m), campamento base (4.900 m), campamento 1 (5.500 m), campamento 2 (6.000 m) y a los 6.400 metros. Midieron la tensión arterial, la frecuencia cardíaca, la frecuencia respiratoria, la saturación de oxígeno en la sangre, la vista, el mal agudo de montaña y análisis de sangre (ácido láctico) de los ocho deportistas que integraban el grupo. «Los resultados preliminares evidenciaron la amplia respuesta adaptativa a grandes alturas de los escaladores que intentaron cumbre», explicaron los especialistas.

» En la Argentina hay algunos trabajos en el Aconcagua, pero nunca a tanta altura. Obtuvimos datos de laboratorio que nunca se habían sacado», comentó Seoane. Es, en este sentido, una investigación pionera en el país y una de las pocas realizadas a nivel mundial. ¿El objetivo? Crear una base de datos y ofrecer información certera y eficaz para el desarrollo seguro del alpinismo.

Mal agudo de montañas y cómo prevenirlo

La enfermedad más temible y mortal en alta montaña es el edema pulmonar o cerebral, provocado por la escasez de oxígeno que ingresa en el organismo. Para medirlo y saber cuándo es tiempo de descender los andinistas llevaron una escala que evalúa los síntomas del apunamiento y predice el edema. Asigna un puntaje a las cefaleas, náuseas, vómitos, insomnio y falta de apetito, todos signos de lo que se conoce como «mal agudo de montañas», que puede derivar en edema si no es tratado a tiempo. 

» La escala de Lake Louis probó ser muy útil para detectar incipientemente el mal agudo de montañas y detener la ascensión. A todos nos dio un puntaje de riesgo moderado (entre 3 y 4 puntos) y algunos no pudieron seguir ascendiendo», dijo Seoane.

Otro de los tests que usaron para predecir el edema fue el de caminata: «Se toma la saturación de oxígeno en la sangre de la persona y después se la hace caminar 6 minutos y se repite la medición. Si la saturación final baja más de 5 puntos con respecto a la saturación inicial, es un valor que predice que se va a padecer un mal agudo de montaña importante», explicó el emergentólogo. Le aplicaron el análisis a todos los andinistas a los 3500 metros de altura y a los 5000, y hallaron que aquellos que presentaban más de 5 puntos de diferencia no pudieron alcanzar los 6000 metros. «Fue predictivo y útil tomar el test antes de subir porque estábamos más alertas».

Los problemas no aparecen de golpe

La falta de aire que se respira en alta montaña es la causa de todos los males de los escaladores. Los médicos observaron que a los 6.400 metros el promedio de saturación de oxígeno en la sangre era solo del 65%, cuando a nivel del mar los valores normales van desde el 96 al 100%. Esta dificultad exige un proceso paulatino de adaptación del cuerpo: » Si una persona sube a los 6.000 metros repentinamente, a los 5 minutos muere de edema cerebral o pulmonar –advierte Seoane–. La ascensión nos costó 9 días de ir lentamente subiendo». 

Al cabo de ese tiempo, el doctor explica que el organismo hizo una «adaptación primaria», que consiste en aumentar el número de respiraciones por minuto, para incorporar más oxígeno. «En lugar de respirar 12 o 13 veces por minuto, que es lo normal, medimos nuestras respiraciones y vimos que llegábamos a las 16 veces por minuto y después, por encima de los 5.400 metros, a las 25 veces por minuto», cuenta. Por esto, a medida que se asciende, se siente más agitación y el agotamiento muscular es más rápido.

«Los síntomas del cansancio son inmediatos –relata Seoane–. Si permanecés a esa altura comienzan los demás: cefaleas, las náuseas, falta de apetito… Después de unos días, el cuerpo empieza a adaptarse a la altura y a temperaturas de menos 20° C. Pero si seguís con esta sintomatología, tenés que descender porque significa que no te adaptaste».

La falla en los mecanismos de aclimatación y cierta susceptibilidad personal originan la aparición de las enfermedades agudas relacionadas con la altura. Ninguna forma grave de estas enfermedades se instala bruscamente: toda persona afectada por un edema presenta síntomas preocupantes 48 horas antes de llegar a una forma clínica peligrosa. Por esto, los médicos destacan la importancia de los estudios que realizaron para practicar el deporte sin riesgos: «Es importante difundir los resultados de la investigación a la comunidad médica, para contar con más herramientas a la hora de lanzarse en una expedición así», agregó Seoane.
 
http://www.clarin.com/diario/2009/02/18/um/m-01861455.htm

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En Argentina el destete hiperprecoz está patentado AR040927B1 y se llama RUTER

Posted on 18 febrero 2009 by hj

Después de años de trabajo garantizando el único sistema de desleche anticipado y desarrollo ruminal para terneros de tambo, y destete hiperprecoz y desarrollo ruminal en rodeo de cría; además de contar con patentes internacionales en Australia y Nueva Zelanda, la División Nutrición Animal (DNA) de la Asociación de Cooperativas Argentinas (ACA), obtuvo finalmente la patente en la Argentina.

 Con el número AR040927B1, y vigencia hasta el año 2022, el Sistema RUTER es el único en el país y el mundo, con una patente de estas características que no hace más que certificar la calidad del producto y lo exclusivo del desarrollo.

«Este es un hecho sin dudas muy significativo no sólo para nosotros como empresa, sino también para que el productor, que ha confiado en nuestra palabra durante estos años, ratifique y compruebe que todo lo novedoso y único del Sistema RUTER se ve reflejado en la patente obtenida.», aseguró Walter Brignoli, gerente de la División Nutrición Animal de ACA.

Por su parte, José Ronchetti, jefe comercial de la DNA, afirmó que «toda la división está comprometida en seguir avanzando en nuevos desarrollos, que aseguren al productor, vanguardia e innovación en calidad agroalimentaria».
Acerca del Sistema RUTER
RUTER es un sistema de crianza para destete precoz e hiperprecoz de terneros que actúa como acelerador ruminal. Permite prescindir de la leche entre los 14 y los 35 días de vida del animal (según se suministre para tambo o cría) contra los 120/140 días que requiere el destete tradicional. Por ser un alimento balanceado de alta digestibilidad, seco y extrusado, con gran concentración de proteínas y grasas, permite convertir al pre-rumiante en rumiante en un breve lapso de tiempo, logrando de esta manera animales más eficientes que puedan salir antes a la pastura.
 

http://www.cuencarural.com/economia_y_negocios/en-argentina-el-destete-hiperprecoz-esta-patentado-ar040927b1-y-se-llama-ruter/

 

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Los latidos de un procedimiento eficaz?

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Los latidos de un procedimiento eficaz?

Posted on 17 febrero 2009 by hj

Un estudio que se realizó a 22 mil pacientes que recibieron esa técnica, demostró su gran utilidad, ya que también reduce los riesgos de infarto. Se realizó a partir del invento de Julio Palmaz, que egresó de la Universidad Nacional de La Plata

Un estudio que se realizó a 22 mil pacientes que recibieron esa técnica, demostró su gran utilidad, ya que también reduce los riesgos de infarto. Se realizó a partir del invento de Julio Palmaz, que egresó de la Universidad Nacional de La Plata
Las novedades en medicina se suceden una tras otra. La última es que un estudio internacional en el que se evaluó a unas 22 mil personas demostró que la angioplastía con stent con droga -técnica que ya se viene usando desde hace años- es más eficaz de lo que se creía ya que también reduce los riesgos de infartos y muertes.
El implante de stent con droga es un procedimiento intravascular para la desobstrucción de vasos en las angioplastías, realizadas con catéteres que remueven la obstrucción desde dentro de las arterias como alternativa a la cirugía de bypass (que restablece la irrigación a través de un puente).
El estudio que en la Argentina comprendió a 400 pacientes y estuvo a cargo del jefe de Cardiología Intervencionista de la Fundación Favaloro, Oscar Mendiz, “confirmó que el stent es eficaz porque previene la reestenosis -que obliga a hacer una nueva intervención- y disminuye los eventos de muerte e infartos”.
Los stents impregnados con fármacos resolvieron el problema de la reestenosis, una reacción inflamatoria con crecimiento de tejido cicatrizal que vuelve a obstruir la luz del vaso en un porcentaje de pacientes en los que se coloca un stent.
Mendiz informó que el estudio “dio índices menores al 4 % de riesgo de eventos graves como infartos, muerte o necesidad de una nueva angioplastía”.
El stent es un invento del argentino Julio Palmaz desarrollado entre 1978 y 1987 y consiste, básicamente, en un rulero metálico con estructura de malla que se mete con un catéter hasta el vaso a tratar, achatado sobre un globo que al inflarse comprime la placa obstructiva sobre la pared de la arteria y “encamisa” el vaso.
Palmaz es egresado de la Universidad Nacional de La Plata (UNLP) al igual que el creador de la revolucionaria técnica del bypass, el recordado René Favaloro que nació y se crió en el barrio Mondongo de nuestra ciudad.
El stent, de acero inoxidable biocompatible o Cromo Cobalto, tiene una cobertura de plásticos biológicos -polímeros- en los que está incluido el medicamento, que tiene la función de realizar una liberación pautada en dosis durante un período de veinte días.
Los medicamentos más exitosos son los que tienen efecto antinflamatorio, antiproliferativo y anticoagulante.
 
http://www.diariohoy.net/accion-verNota-id-16147-titulo-Los_latidos_de_un_procedimiento_eficaz

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Hallaron en San Juan al ancestro más antiguo de los dinosaurios gigantes?

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Hallaron en San Juan al ancestro más antiguo de los dinosaurios gigantes?

Posted on 16 febrero 2009 by hj

UNA EXPEDICION DE CIENTIFICOS ARGENTINOS

Sorprende porque medía apenas 1,5 metro de largo. Es clave para entender el origen de esos animales.
Por: Stephane Jean Laurent Bailly

Hace 228 millones de años, el parque Ischigualasto-Valle de la Luna, en San Juan, era una sabana como las de África, con secciones abiertas y otras arboladas. Tenía muy buena vegetación gracias a una combinación de temporadas de lluvias intensas con otras de sequía, ideal para alimentar a una variada fauna, a la cual pertenecía Panphagia. Un metro cincuenta de cabeza a cola, treinta centímetros de alto, casi lo mismo que un perro. Eso medía este animal que acaba de convertirse en el ancestro más primitivo de los saurópodos, los dinosaurios herbívoros de cuatro patas gigantes, considerados como los seres de mayor tamaño que alguna vez pisaron la Tierra.

Su nombre completo es Panphagia protos, cuyos fósiles fueron encontrados en 2006, en el Parque Ischigualasto por paleontólogos de la Universidad Nacional de San Juan. Un hallazgo que se oficializa hoy a través de la publicación online en la revista científica Plos One.

«Era un día de mucho sol y calor, como suelen ser los días en Ischigualasto. Había una muy buena luz, lo que fue bueno para mi trabajo. En un momento decidí ponerme a buscar cosas chiquitas en vez de prospectar caminando», recuerda el paleontólogo Ricardo Martínez, de 54 años.

Fue entonces cuando este hombre de barba y cabellos grises con sombrero de cuero se tiró a ras del suelo y examinó con mucho cuidado cada fragmento suelto sobre la tierra verde de Valle Pintado. Esa técnica ya le había dado resultado: así fue como Martínez había encontrado el esqueleto del Eoraptor lunensis en 1991, también importante en el linaje de los dinosaurios. En este caso, lo que le llamó la atención fue un hueso de color marrón. «Cuando me di cuenta de que era hueco, supe que había encontrado un dinosaurio primitivo», cuenta Martínez. Pero aún no sabía cuál.

Junto al hueso estaba gran parte del esqueleto, que extrajo y llevó hasta el Museo de Ciencias Naturales de San Juan para estudiarlo. Con la limpieza y el análisis bajo la lupa, empezaron a aparecer los pequeños detalles que marcaron la gran diferencia. «Pensábamos que eran fragmentos de algo nuevo, pero no imaginábamos la sorpresa que nos llevaríamos al analizar la mandíbula», relata Martínez.

«Vimos que presentaba la morfología de un dinosaurio primitivo, el cráneo de un carnívoro pero los dientes de un herbívoro», detalla. «Los dinosaurios carnívoros poseían dientes recurvados y puntiagudos, para perforar. El fósil que encontramos los tenía mucho más rectos y espatulados. Un tipo de diente intermedio entre carnívoros y herbívoros, lo que prueba que se trata de un animal evolucionando. Probablemente, tenía hábitos de omnívoro, con dientes preparados para moler vegetales o carne», detalla Oscar Alcober, de 46 años, director del museo.

De hecho, de esta característica deriva el nombre que le pusieron: Panphagia viene del griego y significa «que come de todo»; y protos, su nombre específico, significa «el primero», es decir, el primer dinosaurio que comía de todo, incluyendo vegetales. «Tuvimos la suerte de tener casi el 45% del esqueleto y un popurrí de todas las partes, por lo cual la reconstrucción fue bastante fácil y muy rica en información. A veces sólo encontramos un hueso» precisa Martínez.

«Descubrir este antepasado remoto de los saurópodos nos permite ahora ver la película completa», asegura con entusiasmo Oscar Alcober. Y agrega: «Así podemos imaginarnos cómo este pequeño David del Triásico se convirtió en aquellos Goliat del Cretácico y estudiar la forma en que animales pequeños evolucionaron tempranamente hacia estos mega herbívoros monstruosos que terminaron comiendo varias toneladas de vegetales por día».

El hallazgo demuestra que la evolución de este tipo de gigantes herbívoros comenzó millones de años antes de lo que se creía, casi en el mismo momento en que surgieron los dinosaurios. Además, la investigación de los sanjuaninos destrona al dinosaurio Saturnalia tupiniquim -hallado en Brasil y descripto en 1999- como el sauropodomorfo más antiguo conocido. También confirma la validez del apodo de Ischigualasto como «cuna de dinosaurios», ya que con Panphagia, los tres linajes principales de estos animales tienen ahora a su representante en el parque sanjuanino.

La expedición fue financiada por un canal japonés, TV Tokio. «Los japoneses, en realidad, soñaban con el hallazgo de un gran dinosaurio, como el Argentinosaurus. Ellos buscaban algo de gran tamaño, no se imaginaban que algo valioso también podía ser chiquito», revela Martínez, entre risas.
http://www.clarin.com/diario/2009/02/16/sociedad/s-01859728.htm

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Ballena austral – Las crías aprenden de sus madres dónde comer

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Ballena austral – Las crías aprenden de sus madres dónde comer

Posted on 15 febrero 2009 by hj

 

Esto permite conocer qué zonas eligen

 

Un equipo de biólogos de la Universidad de Utah (EE.UU.) y del Instituto de Conservación de Ballenas (ICB), en nuestro país, descubrió que las crías de ballena franca aprenden de sus madres dónde encontrar alimento.

Para eso, el equipo dirigido por el biólogo argentino Luciano Valenzuela, analizó la dieta y el material genético de la piel de pares madre-cría. Los resultados se publican hoy en Molecular Ecology .

«Las ballenas francas del Atlántico Norte se alimentan con un patrón similar y los científicos tienen acceso a sus áreas de alimentación, pero nosotros no sabíamos dónde lo hacen las ballenas del Atlántico Sur. Para poder estudiarlo, tuvimos que usar una combinación de técnicas», dijo Luciano Valenzuela, que integra el equipo de investigación del ICB. El estudio es su tesis doctoral en la Universidad de Utah.

El equipo, en el que también participaron los doctores Vicky Rowntree (profesora asociada del Departamento de Biología de la Universidad de Utah) y Mariano Cironi (director científico del ICB), analizó el ADN materno y lo comparó con información alimentaria obtenida a través de la identificación de distintas formas o isótopos de sustancias químicas presentes en muestras de la piel. Ambas técnicas, que el equipo utilizó juntas por primera vez, les permitió determinar que las madres, sus crías y otros integrantes de la «familia extendida» de esos pares analizados comían en el mismo lugar.

«Las ballenas francas australes consumen cantidades enormes de alimento y tienen que viajar largas distancias para encontrar la cantidad necesaria de sus pequeñas presas -dijo Jon Seger, profesor de biología en Utah y coautor del trabajo-. El estudio muestra que son las madres quienes les enseñan a sus bebes durante su primer año de vida adónde ir a alimentarse en la inmensidad del océano.»

 

http://www.lanacion.com.ar/nota.asp?nota_id=1100018

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DANIEL PAZ & RUDY | Página 12

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